Em 2 de dezembro de 1889, a Junta do Governo Provisório do Estado do Maranhão editou decreto criando a Secretaria do Governo Provisória. A criação ocorreu poucos dias após da instituição formal da República Federativa do Brasil, quando o Maranhão foi reconhecido como Estado-membro dos Estados Unidos do Brasil.

No texto do decreto de criação da pasta, incorporou-se formalmente à estrutura administrativa do Estado do Maranhão um órgão já existente, quase homônimo, criado ao tempo do Império do Brasil e denominado Secretaria do Governo.

À época do Império, a Secretaria de Governo era ligada diretamente ao Estado brasileiro, que não era naquele tempo, ao menos formalmente, uma federação. Ou seja, o Maranhão era apenas uma Província. Por isso mesmo, tem-se o marco legal para a criação da Casa Civil – ainda que com denominação diversa – ou sua instituição formal perante a República Federativa, o Decreto sem número de 02 de dezembro de 1889.

Desde então, o órgão atravessou sucessivas reformas administrativas, com constantes alterações de nomenclatura, que chegou a ser denominada Secretaria-Geral, através da Lei nº 1.247, de 27 de fevereiro de 1926, concentrando todas as atribuições do Estado em órgão administrativo único.

Ao longo da história, já foi Secretaria do Governo Provisório do Estado, Secretaria do Governo, Secretaria-Geral, Secretaria de Estado, Secretaria de Estado do Governo e Gabinete do Governador, como se observa em menções em diversos atos normativos ao longo do Século XX. Em alguns momentos, a Secretaria de Governo deixou de existir, em outros, o Gabinete e a Casa Civil eram órgãos ligados a Secretaria de Governo.

Atualmente, após processos de extinção com a criação de outro órgão para desempenhar as missões institucionais, com a fusão e desmembramento ou simplesmente com a alteração de sua nomenclatura, o órgão é denominado de Casa Civil, tal como previsto na Lei nº 10.213, de 09 de março de 2015, e que tratou da última reforma administrativa mais ampla.